三代测序又称纳米孔单分子测序，与二代测序技术相比，最大特点就是“超长读长和无需PCR扩增”。超长读长对于检测基因组中的结构变异具有重要临床意义，基因组的结构变异和许多遗传性疾病相关，例如脆性X综合征、杜氏肌营养不良症、肌萎缩侧索硬化症（ALS）等），而无需PCR扩增则解决了扩增过程中的信息丢失和碱基错配。代表性的三代测序公司有2家：Pacific Biosciences和Oxford Nanopore。

√ Pacific Biosciences：目前市场接受度和使用度最高的三代测序仪，读长优于二代测序（三代测序一般为8-15kb，二代测序一般为50-400bp）。

√ Oxford Nanopore：目前产品还处于研发阶段，未真正商业化应用。其读长更长（可达100Kb），由于不需要荧光标记以及荧光检测仪器，测序成本低于Pacific Biosciences。